Le San est dirigé par un comité syndical composé de 54 délégués. Ceux-ci sont désignés par les conseils municipaux des six communes du Val Maubuée au prorata de leur nombre d’habitants. Elu pour six ans, son renouvellement intervient en même temps que celui des conseils municipaux.
Le comité syndical élit son président et ses vice-présidents.
